多肽模拟计算——研究多肽α与多肽β之间相互作用模式
实验中发现两个多肽协同发挥作用，能够抑制李斯特氏菌的生长，单独作用没有抑菌活性，推测两个多肽协同作用于细胞膜。想通过分子动力学模拟，分析这两个多肽是如何协同作用的，是否插入到细菌的细胞膜从而发挥抑菌作用，然后主动和我们沟通确认计算需求。
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分子模拟——探究小分子与受体蛋白的结合位点及结合方式
探究没食子酸、儿茶素、金丝桃苷、槲皮苷、积雪草酸、齐墩果酸、熊果酸、金丝桃苷、科罗索酸、α-淀粉酶、α-葡萄糖苷酶、胰脂肪酶、胆固醇脂酶之间的相互作用图，包括小分子与受体蛋白的结合位点，以什么方式结合在蛋白质的哪一个氨基酸上。能够得到活性成分与相应酶的结合位点的氨基酸组成，以及结合的方式。
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模拟计算——模拟随着ODDMAC的增多，各分子间发生的相互作用
实验发现，氧等离子体处理后的钛表面含有羟基，有机硅季铵盐（ODDMAC）与羟基发生 反应后固定在钛材料表面，想模拟随着 ODDMAC 的增多，各分子间发生的 相互作用，比如有 ODDMAC 与羟基的反应、ODDMAC 单体之间的自聚合、长碳链的卷曲折叠等等。想通过模拟计算方法，对实验现象从理论上解释，进而理论与实验相结合，更加充分证明实验的准确性和科学性。
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